A jövőben az emberiség sikeresen kolonizált néhány bolygót, azonban egy fontos, új nyersanyag miatt a kolóniák háborúzni kezdenek egymással. Eközben a Sera bolygót megtámadják a föld alól megjelenő Locust seregek, hatalmas pusztítást okozva. A nagyszámú támadót az emberek kénytelenek tömegpusztító fegyverekkel megsemmisíteni. A felszínen a Locustokból és a civil lakosságból is csak túlélők maradnak. 4 évvel a támadás előtt Marcus Fenix volt a legkiválóbb, legkeményebb COG katona, akit parancsmegtagadás miatt börtönre ítéltek. Amikor a Locust támadás után újból előbukkannak az idegenek, a COG kisebb alakulatokat küld, hogy folytassák a harcot. Marcus Fenix egyik társa Dom (Dominic Santiago) kiszabadítja őt a börtönből, hogy ő is harcolhasson a Delta szakasszal. A delta szakasz első számú küldetése a Locust barlangjárat feltérképezése és annak megtisztítása a Locust katonáktól.
